Està situat a la vora esquerra del Terri. Des d'antic s'ha aprofitat aquesta força hidràulica , primer per moure dos molins, i més tard una fàbrica de paper i una de teixits. L'origen del poble sembla trobar-se en una explotació agrària d'època romana: d'aquí ve que s'hi hagin trobat fragments de terrissa, d'àmfora, teules i la boca d'un 'dolium' . Prop de l'església hi foren descobertes també unes quantes sepultures obertes a la roca, probablement de tipus alt medieval o fins i tot paleocristià.

Al llarg de l'edat mitjana la majoria de les terres i drets feudals del poble són de l'església, tant del monestir de Banyoles com del Bisbe de Girona. N'és una bona prova el fet que el juliol del 1142 Berta Joan, fill de Guillem de Cornellà, restitueix al bisbe de Girona, Berenguer de Llers, l'església parroquial amb els seus delmes i primícies que, segons diu el document, havia retingut injustament durant llarg temps.

Les notícies de l'època moderna, ben poques, per altra banda, fan referència a l'existència al llarg del segle XVI d'una indústria del coure anomenada la Farga d'Aram, i al segle XVIII hi ha en funcionament un molí paperer. Encara que molts dels artesans paperaires es traslladen a viure a Banyoles al llarg d'aquest darrer segle, el tradicional arrelament d'aquest sector manufacturer es concreta al segle XIX en la instal·lació d'una important indústria dedicada a la fabricació de paper, i més tard de teixits.

En l'aspecte artístic, a Borgonyà destaquen dos monuments d'un gran interès : l'església parroquial i la casa fortificada coneguda com la Bastida. El temple és romànic, dels segles XI-XII, amb un absis semicircular molt ben conservat i una volta del segle XVII. A la llinda de la porta d'entrada hi ha inscrita la data del 1623. L'església ha estat refeta l'any 1984, i conserva joies litúrgiques de relleu, com una creu processional d'argent del segle XVI i una petita estàtua del nen Jesús de fusta tallada pels volts del XVIII.

La Bastida, és una casa fortificada amb un pati interior i una cisterna amb un brocal de pedra. Mitjançant una escala de pedra s'accedeix al primer pis, on hi ha situat l'antic oratori, amb pintures d'estil rococó. Aquesta casa donà origen al llinatge Bastida, si bé més tard va pertànyer als cavallers del llinatge Bret. Durant la guerra civil catalana dels anys 1462-1472 va ser detingut en aquesta casa, concretament l'any 1463, l'abat de Banyoles Francesc Xetmar, el qual fou alliberat més tard mitjançant rescat.